單細(xì)胞RNA測(cè)序來(lái)生成預(yù)測(cè)性細(xì)胞類型特異性分裂，核酸污染清除劑助力生物科研

細(xì)胞類型特異性工具有助于識(shí)別和功能表征不同的細(xì)胞類型，形成復(fù)雜的神經(jīng)元回路。果蠅現(xiàn)有的大量遺傳工具依賴于增強(qiáng)子活性來(lái)標(biāo)記不同的細(xì)胞亞群，并且在分析成人的功能回路方面非常有用。

德國(guó)MB公司的PCR Clean核酸污染清除，清除分子實(shí)驗(yàn)過(guò)程中的DNA、RNA、DNA酶、RNA酶污染。

然而，這些基于增強(qiáng)子的GAL4系通常不能反映附近基因的表達(dá)，因?yàn)樗鼈冎淮砹巳炕蛘{(diào)控元件的一小部分。雖然諸如分裂- gal4系統(tǒng)等基因交叉技術(shù)進(jìn)一步提高了細(xì)胞類型特異性，但它需要大量的時(shí)間和資源來(lái)通過(guò)增強(qiáng)子表達(dá)模式的組合進(jìn)行篩選。

近日，研究人員使用現(xiàn)有的發(fā)育單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNAseq)數(shù)據(jù)集來(lái)選擇分裂- gal4的基因?qū)?，并?/span>供一個(gè)高效和預(yù)測(cè)的管道(scMarco)來(lái)生成細(xì)胞類型特異性的分裂- gal4系，在任何時(shí)候在發(fā)育過(guò)程中，基于天然基因調(diào)控元件。這些基因特異性的分裂- gal4系可以從大量編碼內(nèi)含子MiMIC/CRIMIC系或CRISPR敲入中產(chǎn)生。我們使用發(fā)育中的果蠅視覺(jué)系統(tǒng)作為模型來(lái)證明scRNAseq引導(dǎo)的基因特異性分裂- gal4系在靶向已知細(xì)胞類型、注釋scRNAseq數(shù)據(jù)集中的簇以及識(shí)別新細(xì)胞類型方面的高預(yù)測(cè)能力。

最后，基因特異性分裂- gal4系廣泛適用于任何其他果蠅組織。研究人員的工作為生成細(xì)胞類型特異性工具開(kāi)辟了新的途徑，用于在整個(gè)發(fā)育過(guò)程中靶向操縱不同的細(xì)胞類型，并為果蠅社區(qū)提供了寶貴的資源。