沒有證據表明口腔細菌在健康成人的遠端腸道中定植

　　口腔和結腸中的微生物群落通過唾液在解剖學上相連。然而，口腔微生物到達遠端腸道并成功定植的程度一直存在爭議。為了解決這一長期存在的爭議，作者使用了來自兩個國家的66名健康成年人同時收集的唾液/糞便微生物群產生的精確擴增子序列變異，以表明，除了一個(Dialister invisus)外，這兩個生態位是完全不同的。因此，沒有證據表明口腔細菌在遠端腸道定植。這定義了可以與病理狀態相比較的健康狀態。在口腔和糞便中發現同樣的細菌可能需要進行臨床病理檢查。

　　食物的攝入和創造了~1011個口腔細菌細胞到腸道-每天1l到1.5 L的唾液，從而建立了兩個微生物棲息地之間的解剖聯系。為了在遠端腸道定殖，口腔細菌需要1)活著到達腸道，2)適應新棲息地的物理化學特征(例如，低氧壓力，糞便內容物中存在毒素)，3)避免被腸道微生物群消除。這一過程中存在一些障礙，包括胃酸、膽鹽、粘膜免疫球蛋白和抗菌肽?？谇患毦谶h端腸道的定植程度一直存在爭議，一些研究表明這兩個壁龕之間存在大量重疊，而另一些研究發現重疊很小。這是一個重要的知識差距，具有潛在的臨床意義。例如，部分大腸癌患者的結腸和口腔中有相同的核梭桿菌菌株，提示異位定植和潛在的致癌作用。

　　利用來自兩個國家的66名健康成年人同時收集的唾液/糞便微生物群產生的精確擴增序列變異(ASVs)，作者發現這兩個生態位幾乎完全不同，沒有證據表明口腔細菌在遠端腸道定植。與操作分類單元相比，序列讀數簇的差異小于固定的差異閾值（通常為 1% 到 3%），ASV 在單核苷酸差異水平上得到解決，可用于識別物種、亞種和菌株。

　　D. invisus是一種主要的口腔細菌，也在遠端腸道中發現，但幾乎沒有轉錄活性。雖然這種細菌在遠端腸道的起源和功能意義尚不清楚，但它在唾液和糞便中共同出現的頻率與它在不需要調用口腔腸道連通性的情況下的概率計算預期率相當。之前的五項研究評估了口腔和遠端腸道微生物群之間的重疊。**項研究使用屬級數據，由于分類學分辨率不足，這種方法無法確定共現。第二項研究采用基于參考的微生物單核苷酸變異進行菌株鑒定。然而，在這項研究中使用的計算管道(metaSNV)假設每個物種有一個顯性菌株。

　　當研究人類微生物群時，這種假設是有問題的，因為人類微生物群通常是同一物種的密切相關菌株的混合物。在作圖過程中使用單個參考序列來代表一個物種，可能會由于忽略菌株水平的差異而大大高估樣本之間的重疊。第三項研究使用散彈測序，發現唾液和遠端腸道微生物群(8個物種/菌株)之間有少量重疊?？谇痪褐?*數量可觀的腸道細菌是D. invisus。

　　第四項研究使用寡聚型，這是一種監督計算方法，用于基于16S擴增子內高度多態核苷酸位置劃分序列數據。在本研究中，口腔和糞便微生物群重疊的特征是一個寡型，匹配D. invisus。第五項研究使用宏基因組組裝的基因組，發現只有兩個基因組都映射到 D. invisus 并且在兩個棲息地之間共享。

　　每個棲息地50種最普遍的物種的熱圖顯示了遠端腸道和唾液微生物群的幾乎完全分離。

　　總的來說，健康成人的口腔和遠端腸道微生物群是高度不同的，D. invisus是一個顯著的例外，但意義不明確。作者沒有發現口腔細菌在遠端腸道定植的證據。這兩個棲息地的極端分離可能在疾病狀態下減少，在這種狀態下，化學或免疫屏障或腸道的定植抗性受到損害。在口腔和糞便中發現相同的細菌可能需要進行臨床病理檢查。