沒有證據(jù)表明口腔細(xì)菌在健康成人的遠(yuǎn)端腸道中定植

　　口腔和結(jié)腸中的微生物群落通過唾液在解剖學(xué)上相連。然而，口腔微生物到達(dá)遠(yuǎn)端腸道并成功定植的程度一直存在爭議。為了解決這一長期存在的爭議，作者使用了來自兩個(gè)國家的66名健康成年人同時(shí)收集的唾液/糞便微生物群產(chǎn)生的精確擴(kuò)增子序列變異，以表明，除了一個(gè)(Dialister invisus)外，這兩個(gè)生態(tài)位是完全不同的。因此，沒有證據(jù)表明口腔細(xì)菌在遠(yuǎn)端腸道定植。這定義了可以與病理狀態(tài)相比較的健康狀態(tài)。在口腔和糞便中發(fā)現(xiàn)同樣的細(xì)菌可能需要進(jìn)行臨床病理檢查。

　　食物的攝入和創(chuàng)造了~1011個(gè)口腔細(xì)菌細(xì)胞到腸道-每天1l到1.5 L的唾液，從而建立了兩個(gè)微生物棲息地之間的解剖聯(lián)系。為了在遠(yuǎn)端腸道定殖，口腔細(xì)菌需要1)活著到達(dá)腸道，2)適應(yīng)新棲息地的物理化學(xué)特征(例如，低氧壓力，糞便內(nèi)容物中存在毒素)，3)避免被腸道微生物群消除。這一過程中存在一些障礙，包括胃酸、膽鹽、粘膜免疫球蛋白和抗菌肽。口腔細(xì)菌在遠(yuǎn)端腸道的定植程度一直存在爭議，一些研究表明這兩個(gè)壁龕之間存在大量重疊，而另一些研究發(fā)現(xiàn)重疊很小。這是一個(gè)重要的知識(shí)差距，具有潛在的臨床意義。例如，部分大腸癌患者的結(jié)腸和口腔中有相同的核梭桿菌菌株，提示異位定植和潛在的致癌作用。

　　利用來自兩個(gè)國家的66名健康成年人同時(shí)收集的唾液/糞便微生物群產(chǎn)生的精確擴(kuò)增序列變異(ASVs)，作者發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)生態(tài)位幾乎完全不同，沒有證據(jù)表明口腔細(xì)菌在遠(yuǎn)端腸道定植。與操作分類單元相比，序列讀數(shù)簇的差異小于固定的差異閾值（通常為 1% 到 3%），ASV 在單核苷酸差異水平上得到解決，可用于識(shí)別物種、亞種和菌株。

　　D. invisus是一種主要的口腔細(xì)菌，也在遠(yuǎn)端腸道中發(fā)現(xiàn)，但幾乎沒有轉(zhuǎn)錄活性。雖然這種細(xì)菌在遠(yuǎn)端腸道的起源和功能意義尚不清楚，但它在唾液和糞便中共同出現(xiàn)的頻率與它在不需要調(diào)用口腔腸道連通性的情況下的概率計(jì)算預(yù)期率相當(dāng)。之前的五項(xiàng)研究評(píng)估了口腔和遠(yuǎn)端腸道微生物群之間的重疊。**項(xiàng)研究使用屬級(jí)數(shù)據(jù)，由于分類學(xué)分辨率不足，這種方法無法確定共現(xiàn)。第二項(xiàng)研究采用基于參考的微生物單核苷酸變異進(jìn)行菌株鑒定。然而，在這項(xiàng)研究中使用的計(jì)算管道(metaSNV)假設(shè)每個(gè)物種有一個(gè)顯性菌株。

　　當(dāng)研究人類微生物群時(shí)，這種假設(shè)是有問題的，因?yàn)槿祟愇⑸锶和ǔＪ峭晃锓N的密切相關(guān)菌株的混合物。在作圖過程中使用單個(gè)參考序列來代表一個(gè)物種，可能會(huì)由于忽略菌株水平的差異而大大高估樣本之間的重疊。第三項(xiàng)研究使用散彈測(cè)序，發(fā)現(xiàn)唾液和遠(yuǎn)端腸道微生物群(8個(gè)物種/菌株)之間有少量重疊。口腔菌群中**數(shù)量可觀的腸道細(xì)菌是D. invisus。

　　第四項(xiàng)研究使用寡聚型，這是一種監(jiān)督計(jì)算方法，用于基于16S擴(kuò)增子內(nèi)高度多態(tài)核苷酸位置劃分序列數(shù)據(jù)。在本研究中，口腔和糞便微生物群重疊的特征是一個(gè)寡型，匹配D. invisus。第五項(xiàng)研究使用宏基因組組裝的基因組，發(fā)現(xiàn)只有兩個(gè)基因組都映射到 D. invisus 并且在兩個(gè)棲息地之間共享。

　　每個(gè)棲息地50種最普遍的物種的熱圖顯示了遠(yuǎn)端腸道和唾液微生物群的幾乎完全分離。

　　總的來說，健康成人的口腔和遠(yuǎn)端腸道微生物群是高度不同的，D. invisus是一個(gè)顯著的例外，但意義不明確。作者沒有發(fā)現(xiàn)口腔細(xì)菌在遠(yuǎn)端腸道定植的證據(jù)。這兩個(gè)棲息地的極端分離可能在疾病狀態(tài)下減少，在這種狀態(tài)下，化學(xué)或免疫屏障或腸道的定植抗性受到損害。在口腔和糞便中發(fā)現(xiàn)相同的細(xì)菌可能需要進(jìn)行臨床病理檢查。