我國學者創建“REDH”數據庫，探訪血細胞分化的RNA編輯組學

通過RNA將DNA轉化為蛋白質的過程遠非直截了當。在參與蛋白質合成過程的幾種RNA中，有幾種可能在中途被編輯。在哺乳動物中，RNA編輯主要涉及通過脫氨將腺苷(A)轉化為肌苷(I)，這可以產生廣泛的影響。例如，A-to-I轉換可以以不同的方式調節基因表達，并顯著改變最終合成的蛋白質。

雖然RNA編輯是一個重要的生物學過程，但它也是包括癌癥在內的一些疾病的關鍵潛在機制。因此，科學家們已經建立了大規模的數據庫，記錄了各種人體組織中的RNA編輯位點。這些數據庫作為從RNA編輯組中識別潛在診斷或治療靶點的有用平臺，RNA編輯組包含給定細胞或組織中所有編輯的RNA分子。不幸的是，目前還沒有針對造血細胞的RNA編輯的數據庫。造血細胞的獨特之處在于，它們可以發育成包括紅細胞、白細胞和血小板在內的所有類型的血細胞。

在《Chinese Medical Journal》最近發表的一項研究中，由中國醫學科學院Yanni Ma博士領導的一組研究人員著手解決這個問題。他們建立了一個名為“REDH”的新數據庫，可以方便地訪問健康和惡性造血細胞的RNA編輯組。

為了構建數據庫，研究人員下載并分析了來自29名白血病患者和19名健康獻血者的RNA測序(RNA-seq)數據。他們還包括來自12個小鼠造血細胞群體的RNA-seq數據。使用一種稱為序列比對的技術，他們準確地識別了造血細胞中超過3萬個A-to-I編輯位點，以及造血癌癥中涉及的近50萬個編輯事件。

該數據庫由四個主要模塊組成:辨證、疾病、充實和知識模塊。“每個模塊都支持用戶定義的過濾器，根據用戶定義的設置動態生成表格，結果可供下載，”Ma博士強調說。分化模塊包含有關小鼠細胞群中A-to-I編輯的詳細信息，目的是幫助科學家闡明RNA編輯與造血發育之間的相關性。另一方面，疾病模塊表征了來自兩種不同類型白血病的約50個樣本中的40多萬個A-to-I RNA編輯位點。它還結合了來自每個樣本的臨床和基因表達信息，允許在個體患者或隊列中靈活地探索RNA編輯事件。

富集模塊可用于探索超過9,000個RNA編輯位點的功能目的。它將這些位點分類為“染色質組織”、“DNA代謝過程的調節”和“染色體組織的調節”。這個模塊可以幫助研究人員將觀察到的特征或癥狀與任何相關的RNA編輯事件聯系起來。最后，知識模塊包含經過實驗驗證的RNA編輯事件，這些事件已知會影響造血和造血癌癥。

REDH數據庫將成為指導和加速RNA編輯及其與血細胞分化關系研究的有用工具。它可以讓我們更深入地了解血癌，并為更好的治療鋪平道路。隨著新發現的出現，該團隊計劃維護和更新REDH，正如馬博士評論的那樣，“為了使數據庫與RNA編輯領域的發展保持同步，我們將繼續監測新發表的文獻，并擴大數據庫中包含的血液疾病類型。”展望未來，Ma博士總結道:“我們希望我們的數據庫將成為探索造血分化分子機制的寶貴資源，并確定白血病和造血惡性腫瘤的潛在治療靶點。”

祝愿他們在REDH項目上好運，也希望他們能找到關于血癌的見解和治療方法。

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