新技術(shù)！Slide-seq的空間轉(zhuǎn)錄組分析技術(shù)

2019年，一項(xiàng)名為Slide-seq的空間轉(zhuǎn)錄組分析技術(shù)在《Science》雜志上發(fā)表。這項(xiàng)技術(shù)由Broad研究所的Fei Chen和Evan Macosko等人開發(fā)，能夠以單細(xì)胞水平的分辨率獲得空間解析的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。

四年后，這項(xiàng)技術(shù)被商業(yè)化，由Curio Biosciences公司推出。這就是Curio Seeker空間分析試劑盒。它能夠以出色的分辨率對(duì)新鮮冷凍組織切片進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組空間分析，并直接整合到現(xiàn)有的測(cè)序流程中。

Curio Seeker利用帶有空間條形碼的單層10 μm微珠來捕獲RNA，從而保留轉(zhuǎn)錄組的空間信息。在捕獲后，RNA經(jīng)歷了逆轉(zhuǎn)錄、文庫制備和測(cè)序等過程。之后可通過Curio Seeker的生物信息學(xué)流程來處理數(shù)據(jù)，生成一張高分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組圖譜。

這個(gè)流程簡(jiǎn)單、易上手，只需要使用標(biāo)準(zhǔn)的分子生物學(xué)技術(shù)和儀器，無需特殊的設(shè)備，也無需顯微鏡操作經(jīng)驗(yàn)。利用Curio Seeker生成的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，研究人員能夠更好地了解細(xì)胞在其原生環(huán)境中的功能，獲得單細(xì)胞測(cè)序方法無法提供的生物學(xué)見解。

最初，Curio Biosciences公司推出了3x3的空間分析試劑盒，能夠分析3 mm x 3 mm大小的區(qū)域。去年9月，他們又推出了10x10試劑盒，將分析范圍擴(kuò)大到10 mm x 10 mm的區(qū)域。據(jù)介紹，這種更大的形式有助于對(duì)人體組織樣本以及模式生物的全器官樣本進(jìn)行研究。

哈佛大學(xué)干細(xì)胞與再生生物學(xué)系助理教授Fei Chen表示：“Curio Seeker 10×10試劑盒提供的數(shù)據(jù)點(diǎn)數(shù)量大大超過了最初的Slide-seq技術(shù)。它將高分辨率、全轉(zhuǎn)錄組和空間生物學(xué)進(jìn)一步帶入人類生物學(xué)研究領(lǐng)域，使得研究人員能夠觀察組織樣本中更大的感興趣區(qū)域。”

康奈爾大學(xué)是該公司的早期用戶之一。Iwijn De Vlaminck副教授的實(shí)驗(yàn)室正利用Curio Seeker試劑盒開展空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究，分析病毒性心肌炎和病毒性腦炎的發(fā)病機(jī)制、雞心臟的發(fā)育以及與排卵相關(guān)的分子過程。

“高分辨率的空間RNA測(cè)序是繪制和研究生物學(xué)的一種強(qiáng)大方法。全新的Curio Seeker 10×10試劑盒是一種非常有用的工具，可釋放這種新方法的真正潛力，它讓我們能夠利用現(xiàn)有的測(cè)序儀，在更大的組織切片上生成更多無偏的高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，而這是其他方法無法實(shí)現(xiàn)的，”Iwijn De Vlaminck談道。

Curio Seeker空間分析試劑盒可應(yīng)用在多個(gè)領(lǐng)域，從發(fā)育生物學(xué)到病毒免疫學(xué)。有了這項(xiàng)技術(shù)，研究人員能夠更好地了解發(fā)育過程中以及健康和病變狀態(tài)下各個(gè)生物系統(tǒng)中的復(fù)雜細(xì)胞環(huán)境。例如，他們可以確定哪種免疫細(xì)胞存在于腫瘤微環(huán)境中及其具體位置如何，這有助于了解癌癥復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移過程中的免疫逃逸機(jī)制。

本網(wǎng)站所有轉(zhuǎn)載文章系出于傳遞更多信息之目的，轉(zhuǎn)載內(nèi)容不代表本站立場(chǎng)。不希望被轉(zhuǎn)載的媒體或個(gè)人可與我們聯(lián)系，我們將立即進(jìn)行刪除處理。