新技術！Slide-seq的空間轉錄組分析技術

2019年，一項名為Slide-seq的空間轉錄組分析技術在《Science》雜志上發表。這項技術由Broad研究所的Fei Chen和Evan Macosko等人開發，能夠以單細胞水平的分辨率獲得空間解析的基因表達數據。

四年后，這項技術被商業化，由Curio Biosciences公司推出。這就是Curio Seeker空間分析試劑盒。它能夠以出色的分辨率對新鮮冷凍組織切片進行全轉錄組空間分析，并直接整合到現有的測序流程中。

Curio Seeker利用帶有空間條形碼的單層10 μm微珠來捕獲RNA，從而保留轉錄組的空間信息。在捕獲后，RNA經歷了逆轉錄、文庫制備和測序等過程。之后可通過Curio Seeker的生物信息學流程來處理數據，生成一張高分辨率的空間轉錄組圖譜。

這個流程簡單、易上手，只需要使用標準的分子生物學技術和儀器，無需特殊的設備，也無需顯微鏡操作經驗。利用Curio Seeker生成的空間轉錄組數據，研究人員能夠更好地了解細胞在其原生環境中的功能，獲得單細胞測序方法無法提供的生物學見解。

最初，Curio Biosciences公司推出了3x3的空間分析試劑盒，能夠分析3 mm x 3 mm大小的區域。去年9月，他們又推出了10x10試劑盒，將分析范圍擴大到10 mm x 10 mm的區域。據介紹，這種更大的形式有助于對人體組織樣本以及模式生物的全器官樣本進行研究。

哈佛大學干細胞與再生生物學系助理教授Fei Chen表示：“Curio Seeker 10×10試劑盒提供的數據點數量大大超過了最初的Slide-seq技術。它將高分辨率、全轉錄組和空間生物學進一步帶入人類生物學研究領域，使得研究人員能夠觀察組織樣本中更大的感興趣區域。”

康奈爾大學是該公司的早期用戶之一。Iwijn De Vlaminck副教授的實驗室正利用Curio Seeker試劑盒開展空間轉錄組學研究，分析病毒性心肌炎和病毒性腦炎的發病機制、雞心臟的發育以及與排卵相關的分子過程。

“高分辨率的空間RNA測序是繪制和研究生物學的一種強大方法。全新的Curio Seeker 10×10試劑盒是一種非常有用的工具，可釋放這種新方法的真正潛力，它讓我們能夠利用現有的測序儀，在更大的組織切片上生成更多無偏的高分辨率空間轉錄組學數據，而這是其他方法無法實現的，”Iwijn De Vlaminck談道。

Curio Seeker空間分析試劑盒可應用在多個領域，從發育生物學到病毒免疫學。有了這項技術，研究人員能夠更好地了解發育過程中以及健康和病變狀態下各個生物系統中的復雜細胞環境。例如，他們可以確定哪種免疫細胞存在于腫瘤微環境中及其具體位置如何，這有助于了解癌癥復發和轉移過程中的免疫逃逸機制。

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