SARS-CoV-2感染和恢復患者中人口咽微生物組的表征

　　呼吸道微生物組與呼吸道感染密切相關，但未對2019冠狀病毒病(COVID-19)康復患者的口咽微生物組特征進行研究。本研究收集COVID-19確診病例(CCs)(73例)、疑似病例(SCs)(36例)、康復確診病例(21例)、康復疑似病例(36例)和健康對照(Hs)(140例)的口咽拭子，完成MiSeq測序。口咽微生物?多樣性顯著降低CCs和海關。與Hs相比，CCs中條件致病菌數量增加，丁酸產菌數量減少。本研究**對新冠肺炎恢復期和疑似病例的口咽微生物區系特征進行了研究，成功構建并驗證了新冠肺炎的診斷模型，刻畫了口咽部微生物區系與臨床指標的關系。

　　2019年冠狀病毒病(新冠肺炎)是由嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)引起的呼吸道傳染病。截至2021年8月12日，COVID-19已在全球蔓延，造成2億多人死亡，400多萬人死亡，這一數字仍在迅速增長。因此，快速、早期發現潛在感染者，特別是無癥狀感染者，是縮小傳播范圍的重點。目前，通過逆轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)對上呼吸道標本進行核酸檢測是診斷COVID-19的金標準。然而，由于病毒突變、采樣錯誤、病毒滴度低等各種原因，RT-PCR的假陰性率至少為20%。因此，尋求一種更準確的診斷方法勢在必行。

　　呼吸道作為抵御病原體入侵的**道屏障，也是病原體復制和移動的場所。SARS-CoV-2可在人上呼吸道標本中檢測到，包括鼻咽和口咽標本，并通過呼吸道飛沫傳播。病毒通過將其刺突蛋白與人細胞上的血管緊張素轉換酶2 (ACE2)結合進入宿主細胞。TMPRSS2有助于激活SARS-CoV-2上的刺突蛋白。病毒進入宿主細胞后，不僅會引起炎癥和免疫紊亂，還會破壞上呼吸道微生物平衡。

　　人體呼吸道微生物群與呼吸道感染密切相關，是上呼吸道屏障的重要組成部分。在病毒感染期間，氣道微生物群的破壞可能會影響宿主的固有免疫反應。同時，病毒的定植和增殖也受到呼吸道微生物群的影響。Man等人發現，口腔和鼻咽部微生物區系之間的微生物地形圖缺失促進嬰幼兒呼吸道感染。進一步的研究報告稱，接觸時的鼻/喉微生物群與流感感染的易感性有關。目前的一些研究已經描述了SARS-CoV-2感染中的鼻咽部和口咽部微生物群，提示了呼吸道微生物群在COVID-19發展中的功能。然而，SARS-CoV-2感染恢復期患者的口咽部微生物群尚未見報道。

　　使用微生物標志物作為非侵入性診斷工具的概念已經逐漸形成，包括肝硬化和2型糖尿病(T2D)。作者的研究之前曾報道，口腔和腸道微生物標志物可能成為COVID-19的一種潛在的無創診斷工具，實現跨區域驗證，并成功診斷免疫球蛋白G (IgG)陽性的疑似病例(SCs)為確診病例。然而，應用口咽部微生物標志物在SARS-CoV-2感染中的診斷潛力尚未得到評估。在這項研究中，作者描述了SARS-CoV-2感染中的上呼吸道微生物群，并構建了非侵入性微生物診斷模型。