SARS-CoV-2感染和恢復(fù)患者中人口咽微生物組的表征

　　呼吸道微生物組與呼吸道感染密切相關(guān)，但未對2019冠狀病毒病(COVID-19)康復(fù)患者的口咽微生物組特征進(jìn)行研究。本研究收集COVID-19確診病例(CCs)(73例)、疑似病例(SCs)(36例)、康復(fù)確診病例(21例)、康復(fù)疑似病例(36例)和健康對照(Hs)(140例)的口咽拭子，完成MiSeq測序。口咽微生物?多樣性顯著降低CCs和海關(guān)。與Hs相比，CCs中條件致病菌數(shù)量增加，丁酸產(chǎn)菌數(shù)量減少。本研究**對新冠肺炎恢復(fù)期和疑似病例的口咽微生物區(qū)系特征進(jìn)行了研究，成功構(gòu)建并驗證了新冠肺炎的診斷模型，刻畫了口咽部微生物區(qū)系與臨床指標(biāo)的關(guān)系。

　　2019年冠狀病毒病(新冠肺炎)是由嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)引起的呼吸道傳染病。截至2021年8月12日，COVID-19已在全球蔓延，造成2億多人死亡，400多萬人死亡，這一數(shù)字仍在迅速增長。因此，快速、早期發(fā)現(xiàn)潛在感染者，特別是無癥狀感染者，是縮小傳播范圍的重點。目前，通過逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)對上呼吸道標(biāo)本進(jìn)行核酸檢測是診斷COVID-19的金標(biāo)準(zhǔn)。然而，由于病毒突變、采樣錯誤、病毒滴度低等各種原因，RT-PCR的假陰性率至少為20%。因此，尋求一種更準(zhǔn)確的診斷方法勢在必行。

　　呼吸道作為抵御病原體入侵的**道屏障，也是病原體復(fù)制和移動的場所。SARS-CoV-2可在人上呼吸道標(biāo)本中檢測到，包括鼻咽和口咽標(biāo)本，并通過呼吸道飛沫傳播。病毒通過將其刺突蛋白與人細(xì)胞上的血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2 (ACE2)結(jié)合進(jìn)入宿主細(xì)胞。TMPRSS2有助于激活SARS-CoV-2上的刺突蛋白。病毒進(jìn)入宿主細(xì)胞后，不僅會引起炎癥和免疫紊亂，還會破壞上呼吸道微生物平衡。

　　人體呼吸道微生物群與呼吸道感染密切相關(guān)，是上呼吸道屏障的重要組成部分。在病毒感染期間，氣道微生物群的破壞可能會影響宿主的固有免疫反應(yīng)。同時，病毒的定植和增殖也受到呼吸道微生物群的影響。Man等人發(fā)現(xiàn)，口腔和鼻咽部微生物區(qū)系之間的微生物地形圖缺失促進(jìn)嬰幼兒呼吸道感染。進(jìn)一步的研究報告稱，接觸時的鼻/喉微生物群與流感感染的易感性有關(guān)。目前的一些研究已經(jīng)描述了SARS-CoV-2感染中的鼻咽部和口咽部微生物群，提示了呼吸道微生物群在COVID-19發(fā)展中的功能。然而，SARS-CoV-2感染恢復(fù)期患者的口咽部微生物群尚未見報道。

　　使用微生物標(biāo)志物作為非侵入性診斷工具的概念已經(jīng)逐漸形成，包括肝硬化和2型糖尿病(T2D)。作者的研究之前曾報道，口腔和腸道微生物標(biāo)志物可能成為COVID-19的一種潛在的無創(chuàng)診斷工具，實現(xiàn)跨區(qū)域驗證，并成功診斷免疫球蛋白G (IgG)陽性的疑似病例(SCs)為確診病例。然而，應(yīng)用口咽部微生物標(biāo)志物在SARS-CoV-2感染中的診斷潛力尚未得到評估。在這項研究中，作者描述了SARS-CoV-2感染中的上呼吸道微生物群，并構(gòu)建了非侵入性微生物診斷模型。